Die Schatzkammer erstreckt sich über zwei Stockwerke  und hat die Größe eines Saales. Die Bausubstanz stammt aus der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts. Das Portal mit poliertem Steingewände besteht aus rotem Spitaler Marmor und die Eingangstüre ist beidseitig mit prächtigen Einlegearbeiten aus verschiedenen Hölzern verziert. Auch die Beschläge und das prächtige Kastenschloss an der Innenseite der Türe sind sehenswert.

Der durch zwölf Nischen reich gegliederte und mit sieben Fenstern versehene helle Raum wird durch ein 5-jochiges Stichkappentonnengewölbe überdeckt, das mit prächigen Stuckarbeiten ausgestattet ist. Die Stichkappen ermöglichen die zusätzliche Beleuchtung des Gewölbes durch zwölf runde Oberlichten. Die Stuckarbeiten wurden im Jahr 1679 von den Stukkateuren Lorenzo Canevale und Thomas Ferrada ausgeführt. Canevale zählte in Oberösterreich zum Kreis der italienischen Barockkünstlern.

Im unteren Bereich der Umfassungsmauern bauten die Stukkateure 14 Doppelpilaster mit korinthischen Kapitellen ein, die mit Büsten, Früchten, Eichen- oder Akanthusblättern verziert sind und scheinbar die zwei übereinanderliegenden Gesimse sowie das Gewölbe tragen. Bei genauerer Betrachtung fällt auf, dass an den meisten Doppelpilstaern jeweils eine weibliche und eine männliche Büste dargestellt sind, zwanzig dieser Büsten haben gefiederte Flügel. Im Gegensatz dazu finden sich in den anderen Kapitellen acht Köpfe mit fledermausartigen Flügeln: An der Schmalseite gegen Westen ein älterer Mann mit wallendem Bart und eine ältere Frau mit eigenartiger Bodenhaube. Gegen Osten ein Mann mit Turban udn eine barhäuptige Frau, in der Mitte der Südseite ein Mohrenkopf mit Turban und eine Frau mit perlenbesetzter Haube, rechts davon zwei Frauenköpfe. Ungewöhnlich ist, dass sämtliche Augen der Engelsköpfe über große schwarze Pupillen verfügen.

Weitere Sehenswürdigkeiten stellen neun prächtige Schränke aus dem Ende des 17. Jahrhunderts dar. Die Schränke sind alle nusshozfurniert und ähnlich aufgebaut, unterscheiden sich jedoch in verschiedenen Details.

In diesen Schränken werden verschiedene außergewöhnliche Gegenstände aufbewahrt: Kunstvoll gestickte Priestergewänder, Paramente und andere liturgische Geräte, mehrere Reliquien umgeben von wertvollen Klosterarbeiten in geschnitzten und vergoldeten Schreinen sowie die aus dem Rokoko stammende "Spitaler Krippe" in ihrem prachtvollen Gehäuse.